Миколаївська гімназія №3 продовжує участь у міжнародному проекті «Голодомор, Голокост, Гулаг – трагедії ХХ століття на українській землі. Злочини тоталітарного режиму проти народу та людини». Проект започаткований завдяки підтримці Фонду прав людини Міністерства Закордонних Справ Королівства Нідерландів та за допомогою Інституту Юдаїки м.Київ. Гімназія була залучена до проекту завдяки МОІППО.